23 сентября 1997 года учреждена Мадагаскарская епархия.

Мадагаскарская митрополия Александрийской Православной Церкви

Епархиальное управление: Мадагаскар, г. Антанариву.
Каноническая территория: Мадагаскар, Маврикий, Реюньон, Коморские острова, Майотта

Православие утвердилось на Мадагаскаре благодаря апостольским трудам Нектария (Келлиса), основавшего в июле 1994 года Православную Миссию на острове. Самостоятельная кафедра в городе Антанариву была учреждена патриаршим и синодальным указом Александрийской Православной Церкви как Мадагаскарская епископия 23 сентября 1997 года, будучи выделена из Зимбабвийской митрополии. Отец Нектарий стал первым Мадагаскарским епископом и, ко времени его внезапной кончины в авиакатастрофе в 2004 году, на острове были основаны десятки общин, два монастыря, семинария, две больницы и ряд школ.
На 2009 год в ведение епархии входили Мадагаскар, Маврикий, Реюньон, Коморские острова и Майотта. 21 ноября 2012 года епархия была возведена в ранг митрополии.

Изменения архиерейского титула
епископ Мадагаскарский (23 сентября 1997 - 21 ноября 2012)
митрополит Мадагаскарский (с 21 ноября 2012)

Статистика
2002 - два монастыря (мужской и женский), одна семинария, две больницы, одна средняя и семь начальных школ, 49 приходов.
2011 - 80 приходов, 30 местных священников, 5 "миссионерских центров," 3 "духовных центра," одна двухгодичная семинария; 15 школ, 1 греческая школа, 3 технических школы; две больницы; ежедневной выделяется пропитание для 1500 детей; регулярно выделяется еда, одежда и денежное содержание для 950 семей; ведётся снабжение школ и т.д.

Архипастыри
Нектарий (Келлис) (23 ноября 1997 - 11 сентября 2004)
Игнатий (Сеннис) (с 14 ноября 2004)

Христианство на Мадагаскаре распространялось довольно медленно. Во-первых, потому, что это одна из немногочисленных стран в мире, где большинство населения — убежденные последователи племенных религий. Даже среди обращенных можно видеть следы сильного влияния древних племенных верований. И вторая проблема распространения — это изоляция населенных пунктов, из-за чего миссионеры не могут часто навещать селения, и местные жители часто возвращаются к своей племенной религии.
Как и во многих государствах Африки, Православие сюда принесли греческие торговцы. «В 1953 году в столице Антананариву греческими колонистами был построен православный храм. После военного переворота в 1972 году, как и другие иностранцы, священник был депортирован из страны».
Начало Православию среди местного населения здесь было положено в 1994 году иеромонахом Нектарием (Келлисом), который прибыл из Австралии. Через пять лет на острове насчитывалось свыше 12 тысяч православных и готовящихся к крещению.
В городе Антананариву, столице страны, построен собор в честь Успения Пресвятой Богородицы, при нем расположилось епархиальное управление и сиротский приют на несколько сотен детей.
26 марта 1995 года в Неделю Крестопоклонную, в Успенском соборе столицы митрополит Зимбабвийский Хризостом рукоположил во пресвитера диакона Иоанна Рикотондразафи. Это первый священник малагасиец. Во диакона он был рукоположен в столице Зимбабве городе Хараре. До этого он три месяца изучал богослужебный устав.
Другой местный житель, Жан Кристос Тсаканиас, был отправлен для учебы в семинарию в город Найроби (Кения).
В 1995 году на острове насчитывалось уже 63 православных прихода, семь школ и двенадцать священников из местных жителей. Православная Церковь получила официальное признание правительства Мадагаскара.
С благословения патриарха Петра VII 23 сентября 1997 года Священный Синод Александрийской Церкви избрал отца Нектария первым епископом Мадагаскара. Мадагаскар стал независимой епархией, до этого он входил в Зимбабвийскую митрополию.
Православная миссия окормляет несколько деревень и сел, в некоторых из них все жители приняли Православие. Одна из них деревня Амбовандраманеси. Это одна из первых деревень, где был тогда отец Нектарий. Здесь одна из самых сильных православных общин. И это подтверждается одним интересным случаем, произошедшим в ней: "Однажды в деревню приехали два американских баптистских миссионера. Они проповедовали три дня. Напоследок они пообещали построить церковь, школу и больницу, если все крестятся. Но старейшина деревни от лица всех ответил им: «Мы могли потребовать вашего отъезда в первый же день…, но мы выслушали, что вы хотели сказать. Теперь, когда вы закончили свое проповедничество, мы просим вас покинуть нашу деревню и никогда не возвращаться. Нам не нужны ваши церкви, школы и больницы, так как мы православные христиане». Это ли не свидетельство искренней веры этих «дикарей», которых еще и не крестили и не обещали ничего построить.
Позже на подаренном греческим консулом участке земли была построена медицинская амбулаторная клиника. Здесь же владыка Нектарий планировал устроить храм, семинарию, женскую обитель и глазную лечебницу.
Епископ Нектарий также совершил постриг первой малагасийской монахини с именем Христодула.
Православие чаще всего принимают люди малоимущие. В деревнях и селах люди живут в хижинах из пальмовых ветвей, часовни и храмы их из того же материала. Местные батюшки обслуживают эти храмы и часовни, разбросанные в сельской местности.
Работы в миссии много, рук и людей не достает. Православная миссия самая бедная в материальном отношении. Но при этом она старается участвовать в программах помощи нуждающимся.
Владыка Нектарий погиб в авиакатастрофе вместе с патриархом Петром VII 11 сентября 2004 года. Они направлялись на Святую гору Афон на вертолете греческих ВВС.