До 9 лет Евгений получал образование в семье, а затем поступил в Солигаличское духовное училище, где, по мнению отца, «лучше учили и секли». Науки осваивал он легко и с удовольствием. С детства Евгений познал реалии деревенской жизни, как светлые стороны, связанные с крестьянским трудом и служением вере Христовой, так и тяжелые стороны сельского быта.

Позднее это знание проявилось в творчестве Голубинского, взгляды которого были основаны на глубоком знании истории Церкви и жизни русской провинции. В своих «Воспоминаниях» он даст объективную картину жизни сельского прихода, сохраняя при этом взвешенность оценок.

В статье «Благие желания относительно Русской Церкви» он приходит к выводу о том, что, что именно тяжкие условия деревенского существования и лежат в основе большинства проблем приходской жизни.

«В продолжение всего лета крестьянские работы от восхода солнца до вытухания вечерней зари; в продолжение зимы, чуть не целый день, заботы о скотине – так что человека хватает, наконец, только на то, что суть наши священники в настоящее время, быть механическим совершителем церковных служб и треб, и более ничего», – замечает Голубинский.

Жизненные наблюдения не разочаровали его в вере, не посеяли скепсиса в душе.

В 1854 году Голубинский поступает в Московскую духовную академию. В этот же период старательно изучает и осваивает французский и немецкий языки. В 1859 году он получает степень магистра за свою первую научную работу о борьбе византийских императоров против ересей и становится профессором Вифанской семинарии.

Преподавательская и научная деятельность Голубинского совпала с периодом подготовки в России реформ Александра II, и сам Евгений Евсигнеевич приложил немало усилий для поиска свежих практических идей и путей для страны и Церкви. В январе 1861 года Голубинского направляют в Московскую духовную академию бакалавром, и он преподает в ней до самой своей отставки.

Труды Голубинского представляют собой образец научной объективности, но также и пристрастности, в том смысле, что ученый, обрабатывая огромный массив источников, подвергает их тщательному анализу, сопоставляя детали и вычленяя истину. Он с принципиальным недоверием относится к каждому сообщению и признает право на его существование только после того, как не остается никаких сомнений в его достоверности. Впрочем, такой сверхкритический подход был характерен для многих ученых XIX века.

Голубинский систематизировал и очистил от наслоений и искажений многие области русской и церковной истории. В то же время, позднейшие научные исследования и вновь открытые факты показали, что не всегда его скепсис был оправдан, а выводы верны. Главным трудом Голубинского стала «История Русской Церкви», написанная с позиции объективной научной критики. Автор создает монументальную картину возникновения, развития и формирования строя древней Русской Церкви. В этой работе он делает вывод, что «в допетровской Руси не было настоящего просвещения, а только грамотность и начитанность, не живая осмысленная христианская вера и нравственность, а обрядоверие».

И совершенно справедливо исследователь его наследия А. Платонов писал, что труды Голубинского «показывают, как далеко еще России, Русской церкви и русскому народу до исполнения христианского предназначения, как мало и неглубоко был просвещен наш народ светом Христовым».

Издав первый том «Истории», Голубинский представляет его в качестве докторской диссертации по богословию. О чистоте нравов в научной среде того времени говорит тот факт, что финансировал издание книги митрополит Макарий (Булгаков), сам готовивший многотомное сочинение по истории Церкви и знавший, что Голубинский критикует его работу.

В 90-е годы Евгений Евсигнеевич печатает труды «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая лавра», «История канонизации святых в Русской Церкви», а в 1895 году выходит в отставку в звании заслуженного профессора. Общее собрание Академии Наук 19 марта 1903 года избирает Голубинского академиком.

При жизни ученого было издано более 70-ти его произведений. На склоне лет в результате долгих занятий и развившейся болезни Голубинский потерял зрение, и над завершением его трудов продолжают работать ученики, издавшие «Воспоминания», сборник статей «О реформе в быте Русской Церкви», окончание второго тома «Истории Русской Церкви» и ряд других сочинений.

Скончался Голубинский 7 января 1912 года. Умирая, он попросил положить себе на голову книгу, с которой он хотел явиться на Суд Божий — «Преподобный Сергий Радонежский и созданная им Троицкая лавра» и иметь самого близкого святого своим заступником и ходатаем.