"В 1841 г. переходя из-за студенческой скамьи на кафедру  бакалавра Киевской духовной академии, я дал себе следующий обет: если Бог благословит мое намерение и труды, то все деньги, какие будут следовать за мои сочинения, хранить неприкосновенными, чтобы, на проценты учредить ежегодные премии для поощрения отечественных талантов, посвящающих себя делу науки и общеполезных занятий... и присуждать их отнюдь не прежде, как со времени моей смерти".

Митрополит Макарий, 1867 г.

   В 1867 г., когда в распоряжении Высокопреосвященнейшего Макария оказалась сумма в 120 тыс. рублей, он обратился к обер-прокурору Святейшего Синода графу Д.А. Толстому. 
В том же году Государь император высочайше утвердил Главные положения для присуждения Императорской Академией наук премий митрополита Макария по академическим светским наукам.

Заботясь о развитии науки и знания в церковной области, митрополит Макарий передал 25 тыс. рублей воспитавшей его Киевской духовной академии на премии за работы в области духовной литературы.
Для повышения уровня преподавания в духовных учебных заведениях учреждается еще одна - синодальная - премия за лучшие учебные пособия и учебники для духовных школ.
Таким образом, митрополитом Макарием были учреждены четыре Макариевские премии:
одна - академическая (по всем отраслям науки); 
две - синодальные (за учебники и учебные пособия по духовным дисциплинам); одна - для Киевской духовной академии.
После кончины митрополита Макария в 1882 г. последнее присуждение премий от имени Академии наук состоялось в 1913 г., от имени Святейшего Синода - в 1917 г.
Поместный Собор Русской Православной Церкви 1917-1918 гг. в своих определениях предусматривал присуждение премий в 1918г., однако это уже не могло быть осуществлено.

 1994-1995 гг. по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси АЛЕКСИЯ II совместно с Российской академией наук и Правительством Москвы были созданы Фонд по премиям памяти митрополита Макария и Комитет Фонда, которые взяли на себя организацию и подготовку дела присуждения премий в 1997 и в 1999 гг.