Присоединение к Русской Православной Церкви группы урмийских христиан во главе с епископом Супугранским Ионой явилось результатом кропотливой научной работы, проделанной русскими учеными во главе с профессором СПбДА В.В.Болотовым. Выдающийся церковный историк, великолепный лингвист, Болотов внес решающий вклад в дело изучения истории и современного положения Церкви Востока, к которой принадлежал епископ Иона и возглавляемая им группа урмийских христиан.

История «Церкви Востока» восходит к апостольским временам. По преданию, апостолы Фаддей и Фома проповедовали в Персии и основали там христианскую Церковь. На Поместном Соборе 410 г. в Селевкии-Ктесифоне эта Церковь получила самостоятельность. В результате христологических споров V века Церковь Персии раскололась на «монофизитов» и «диофизитов»; впоследствии появилась и третья группа - сторонников Халкидонского Собора. Название Церкви Востока закрепилось за диофизи-тами.
В течение нескольких столетий Церковь Востока имела мало контактов с христианами Римской империи. Эта изолированная позиция в значительной степени обусловила своеобразие исторического развития Персидской Церкви, в которой складывались свои литургические традиции. существовали свои богословские школы, вырабатывался самостоятельный богословский язык.

Весьма важным богословским центром всего восточно­сирийского христианства была так называемая «школа персов», основанная в IV в. в Эдессе; ее влияние на развитие сирийского богословия трудно переоценить. Комментарии св. Ефрема Сирина, который истолковал некоторые библейские книги, использовались в этой школе в качестве образца интерпретации Писания до середины V в..
Однако в V в. было принято решение осуществить полный перевод с греческого на сирийский экзегетических сочинений Феодора Мопсуестийского. После того, как перевод был закончен, Феодор Мопсуестийский стал главным библейским комментатором восточно­сирийской традиции: последующие духовные писатели этой традиции, включая преп. Исаака, ссылались на него как на «Блаженного Толкователя».

Перевод сочинений Феодора имел исключительное значение для сирийского христианства: вместе с библейскими толкованиями Феодора в сирийскую традицию вошли его христологические воззрения. Феодор Мопсуестийский по сути говорил о Боге Слове и человеке Иисусе как о двух субъектах, чье соединение в одном Лице воплощенного Сына Божия является не столько онтологическим, сущностным, сколько условным, существующим в нашем восприятии: поклоняясь Христу, мы объединяем два естества и исповедуем не «двух сынов», но одного Христа - Бога и Чело­ века.

В 20-e гг. V в. именно это учение легло в основу христологической доктрины Нестория, против которого выступил Кирилл Александрийский. Последний в своей полемике с несторианством настаивал на единстве Ипостаси Бога Слова: безначальное Слово есть то же самое Лицо, что и Иисус, родившийся от Девы; поэтому нельзя говорить о Слове и Иисусе как двух разных субъектах. Христология Кирилла была подтверждена III Вселенским Собором, осудившим Нестория. Впоследствии, на V Вселенском Соборе, был осужден и сам «отец несторианства» - Феодор Мопсуестийский. Что же касается восточно­сирийских христиан, то для них он навсегда остался непререкаемым авторитетом в области богословия. Этим в значительной степени объясняется тот факт, что Церковь Персии и всю  восточно­сирийскую  богословскую традицию стали называть «несторианской» - название, которое сама эта Церковь никогда к себе не применяла.

Была ли Церковь Востока в действительности «несторианской». Большинство современных сирологов, а также сами официальные представители этой Церкви, отвечают на этот вопрос отрицательно. «Хотя эта Церковь почитает Нестория святым, она не является Церковью, основанной Несторием, - пишет современный богослов Ассирийской Церкви Востока мар Апрем,- Несторий не знал сирийского, а сирийская Церковь Востока, находившаяся в Персидской империи, не знала греческого... Только после смерти Нестория сирийскую Церковь Востока, которая не принимала никакого участия в христологическом конфликте между Несторием и Кириллом и вообще не знала ничего об этих спорах при их жизни, стали, к сожалению, воспринимать как основанную Несторием».

Как бы там ни было, инкриминированное Несторию учение о «двух сынах» в Иисусе Христе никогда не было официальной доктриной этой Церкви. В исповедании веры Церкви Востока, сформулированным католикосом Акакием в 486 г., говорится: "Что касается воплощения Христова, наша вера должна состоять в исповедании двух естеств: Божества и человечества. Но Божество, пребывающее с его свойствами, и человечество - с его, мы объединяем в одном прославлении... А кто... не соблюдает относительно единства лица нашего Спасителя исповедания Бога совершенного и человека совершенного, да будет анафема».

Настаивая на «единстве лица» в Иисусе Христе, богословы Церкви Востока в своей полемике с «монофизитами» (к которым они причисляли и Кирилла Александрийского) подчеркивали важность четкого различения между двумя естествами во Христе - божественным и человеческим. Делая акцент на двух естествах, восточно­сирийские богословы говорили и о двух qnome-ипостасях в Иисусе Христе. Термин qnoma означал индивидуальное проявление общего естества (kyana) и в этом смысле использовался для перевода греческого слова hypostasis (ипостась). Хотя сам термин hypostasis употреблялся в разных значениях грекоязычными авторами, тем не менее после Ш Вселенского Собора о двух ипостасях во Христе никто из греческих богословов не говорил. IV Вселенский Собор (Халкидонский) принял формулу «одна ипостась в двух естествах», после чего восточно-сирийское выражение «две qnome» стало восприниматься как прямой вызов Халкидону.

Отказавшись принять Халкидон, богословы Церкви Востока оказались в оппозиции к официальной Церкви Византии. Во 2­й половине V века участились случаи давления на богословские центры Сирийской Церкви со стороны византийских императоров. Так в 489 г. по приказу императора Зенона была закрыта эдесская «школа персов». За несколько лет до этого ее руководитель Нарсай вместе с учениками переселился в Нисибин, что было важным событием для будущего развития Персидской Церкви. К концу V в. Нисибинская школа становится одним из главных духовных и богословских центров сиро­персидской Церкви.

В конце VI в. Энана, возглавивший эту школу в 572 году, предпринял попытку заменить библейские толкования Феодора на свои собственные, в которых использовался аллегорический метод Оригена. Эта попытка не увенчалась успехом: Собор 585 года подтвердил незыблемый авторитет Феодора, запретив кому­либо «явно или скрыто порицать этого Учителя Церкви или отвергать его святые книги».
Рубеж VI и VII вв. ознаменован богословской деятельностью Бабая Великого, который много писал на христологические темы. Его христология является продолжением и своего рода синтезом христологий Феодора Мопсуестийского и Диодора Тарсийского. Будучи лидером консервативной партии, ратовавшей за строгое следование учению Феодора, Бабай возглавил оппозицию Халкидонскому Собору. Развивая христологические воззрения Феодора, Бабай пользовался «Книгой Гераклида», написанной Несторием в качестве апологии после его осуждения III Вселенским Собором и переведенной на сирийский язык в середине VI века. К середине VII века в диптихах Церкви Востока поминались уже «три учителя» - Диодор, Феодор и Несторий.

Политические обстоятельства VII в. не способствовали сближению Персии с Византией. В 637 г. под натиском арабских полчищ пала столица империи Сасанидов Ктесифон, и последний император Яздегерд III бежал в Загрос. К середине VII в. Персия была в руках арабов.

Окончательная утрата политических связей с византийской экуменой и начавшаяся с приходом арабов постепенная исламизация Персии и Сирии не привели в VII и VIII вв. к кризису христианства в этих регионах, упадку в богословии и церковной жизни. Совсем напротив, именно эти два столетия являются периодом наивысшего расцвета сироязычного богословия: в это время жили и творили выдающиеся писатели, такие как Мартирий-Сахдона, Дадишо Катрайе, Симеон д­Тайбуте, Иосиф Хаззайа и Иоанн Дальятский. Все они были писателями по преимуществу мистического направления. Мало известные за пределами восточно­сирийской традиции, они, тем не менее, ознаменовали собой «золотой век сирийской христианской литературы». Единственным представителем этого золотого века, которому суждено было приобрести мировую известность, стал Исаак Ниневийский, или Исаак Сирин.
Особую страницу в истории Церкви Востока представляет ее активная миссионерская деятельность, распространившая ее влияние далеко за пределы Персии: восточно­сирийские христиане дошли с проповедью Евангелия до Индии, Монголии и Китая.

«Церковь Востока» сохранилась до наших дней. Ее современное название - Ассирийская Церковь Востока: она объединяет ассирийских христиан, рассеянных по всему миру, и возглавляется католикосом Map Динхой, живущим в США. Ассирийская Церковь Востока участвует в нескольких богословских диалогах, в том числе с Римско­Католической Церковью. Официальный богословский диалог с Православной Церковью не установлен, хотя переговоры на эту тему ведутся. Наиболее резкую оппозицию Ассирийской Церкви Востока в современном христианском мире составляют Восточные Православные (дохалкидонские) Церкви, считающие эту Церковь несторианской и отказывающие ей в праве участия в богословских диалогах.