В глухом селе Береза, Смоленской губернии, в семье дьякона Дмитрия Касаткина родился 1 августа 1836 г. сын Иван. Нелегким было его детство: в пятилетнем возрасте лишился он матери и испытал на себе горе сиротства. Живым умом, одаренностью и сообразительностью Ваня Касаткин отличался с ранних лет. Мальчик окончил первым Бельское духовное училище, в 1856 г.— Смоленскую духовную семинарию, и был отправлен на казенный счет в Петербургскую Духовную академию. Здесь он также выделился своими способностями и должен был занять профессорскую кафедру, однако Промысел Божий распорядился иначе.

По признанию Владыки, влечение проповедовать в Японии возникло у него случайно, при чтении воспоминаний мореплавателя Василия Головкина, два года пробывшего в Японии в плену. Книга произвела на него столь сильное впечатление, что он решил, что среди народа, не знавшего Христа, необходима проповедь Евангелия. В 1860 г. по его желанию о. Иоанн был назначен настоятелем консульской церкви в г. Хакодате. 24 июля 1860 г. он был пострижен в монашество с наречением имени Николай, а 29 июля выехал из Петербурга в далекое и трудное путешествие. В Николаевске-на-Амуре начинающий миссионер встретился со знаменитым просветителем Сибири епископом Камчатским Иннокентием (Вениаминовым), который в течение зимы многому научил его, черпая из своего богатого апостольского опыта. В 1861 г. с открытием навигации о. Николай прибыл в Хакодате. Сначала проповедь Евангелия в Японии казалась немыслимой: японцы смотрели на христиан как на злодейскую секту и под угрозой смертной казни запрещали миссионерство. Восемь лет у о. Николая ушло на изучение японского народа, его языка, нравов и обычаев.

Основание Православной церкви в Японии было положено в 1868 г. тайной проповедью о. Николая. Первенцами Православия в Японии стали тайно крещенные Павел Савабэ, Иоанн Сакаи и Иаков Урано, которые и сами начали проповедь Христа. К этому времени японское правительство смягчило свои взгляды на христианство. Первый успех окрылил о. Николая — он стал благовествовать по домам, стараясь заронить в души японцев семя Христово.

В 1869—1871 гг. о. Николай побывал на родине, где ходатайствовал перед Священным Синодом об открытии Русской Духовной Миссии. Его ходатайство было удовлетворено, а сам он назначен начальником Миссии в сане архимандрита. В 1871 г. архим. Николай вернулся в Японию и обосновался в Токио, где развернул во всю ширь свои проповеднические и организаторские способности. В 1873 г. японское правительство отменило запретительные указы против христиан, и в Японии наступила новая эра — свободной проповеди Христа. Жизнь Духовной Миссии пошла по более гладкому и надежному пути: в несколько лет были учреждены школа, духовная семинария и катехизаторское училище.

В 1880 г. в Петербурге архим. Николай был возведен в сан епископа Ревельского и Японского, после чего вернулся к своей Миссии. Японская церковь расширялась, в ней насчитывалось уже до 10 тысяч православных японцев. В 1884 г. началось строительство собора Воскресения Христова в Токио, продолжавшееся семь лет. Последние 30 лет своей жизни Владыка отдавал переводам, которым придавал особое значение.

Большие испытания выпали на долю святителя и его паствы в период русско-японской войны. В 1906 г. за свои выдающиеся труды по насаждению и распространению Православия в Японии преосвященный Николай был возведен в сан архиепископа. Третьего февраля 1912 г. архиепископ Николай Японский мирно отошел ко Господу.