15 марта 1649 года Никон был поставлен в Новгородские митрополиты. На берегах Волхова он энергично действовал в рамках программы «ревнителей благочестия», требовал от священников исполнения обрядов в соответствии с греческими традициями, на средства митрополии организовал раздачу хлеба нищим и голодным. В Новгороде он встретил клирика Ивана Шушерина, которого он взял к себе в услужение. В последствии И. Шушерин написал житие Никона, ставшее одним из самых популярных сочинений древнерусской литературы.
Одним из первых мероприятий Никона по прибытии в Новгород стало строительство новых митрополичьих келий. Он Никон «сделал новую крестовую палату каменную и кельи вновь построил на палатах деревянные, а старые Варламовские кельи сломал». В устье реки Пидмы, в бывшей дворцовой вотчине в селе Королеве, он построил церковь во имя пресвятой Богородицы Одигитрии и устроил митрополичий двор. Никон хотел произвести переделку Софийского собора, однако, «всяких чинов люди» не позволили ему «портить старины».
Никон стал одним из главных действующих лиц новгородского восстания 1650 года. Он принимал активное участие в розыске по поводу мятежа. Впоследствии его действия получили полное одобрение царя Алексея Михайловича: «И бысть ему от Великого государя на Москве честь велия, якова инем владыкам новгородцким, прежде бывшим, таковые великие чести не бысть, якоже ему».
