Благодаря помощи Великого Государя царя Алексея Михайловича Покровский храм был вновь воздвигнут и по благословенной грамоте Сибирского митрополита Павла в 1687 году освящен. В 1651 году игумения Мария ездила в Москву и привезла дары от царя Алексея Михайловича: церковные сосуды, облачения, книги и кроме

того делается распоряжение отпускать в год по ведру церковного вина и по два фута ладану. В следующем 1652 году, как это видно из указа Тобольского и Сибирского митрополита Симеона, в монастырь был прислан новый антиминс так как прежний антиминс и прочая церковная утварь сгорели во время пожара в 1651 году.

После царя Алексея Михайловича, в 1690 г., при Покровской монастырской церкви была построена деревянная колокольня, и церковь ограждена деревянною оградой, а в 1694 г. поступила к Тобольскому митрополиту Игнатию челобитная о строении на Верхотурье новой Покровской

церкви. Была ли эта церковь построена, не знаем; известно только, по преданию, что бывшая в Верхотурском Никольском мужском монастыре Покровская деревянная церковь, по сооружении в ней каменной, в 1739 и 1740 годах перенесена в Покровский женский монастырь, после так называемого Ильинского пожара. При Покровской церкви, в 80 от нея саженях, находится каменная часовня нерукотвореннаго образа Спаса, что у каменного моста, на большой улице, по левую сторону речки Дернейки. Когда основана эта часовня, неизвестно; но из грамоты митрополита Антония 22 декабря 1727 года видно, что, по прошению верхотурского Девичьяго монастыря игуменьи Анисьи с сестрами, дозволено возобновить упраздненную в 1727 году часовню. Таким образом основание Спасской часовни едва ли не восходит к времени основания Девичьяго монастыря. А по преданию известно, что часовня эта была построена за городом.

Затем Покровский женский монастырь в 1740 году является местом ссылки для княжны Анны Алексеевны Долгорукой, сестры невесты Императора Петра II, сама

невеста Екатерина Алексеевна Долгорукая была сослана в Рождественский женский монастырь в г. Тюмень, где и скончалась. Еще ранее этого, а именно в 1619 году в Верхотурье была сослана невеста царя Михаила Феодоровича Мария Хлопова, но пробыла она в женском монастыре недолго и была переведена в Нижний Новгород, где и отдала Богу душу.

В царствование Императрицы Елисаветы Петровны в Покровском женском монастыре закладывается по благословенной грамоте митрополита Антония 19 сентября 1744 года новый каменный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы, а освящен сей храм в 1753 году по благословенной грамоте митрополита Тобольского Сильвестра. При освящении этой церкви, иждивением основателя Богословских заводов Максима Походяшина, посреди монастырской ограды заложена другая двухэтажная

церковь, каменная же; в нижнем этаже ея престол во имя святой великомученицы Варвары, а в верхнем - во имя Рождества Иоанна Предтечи, с колокольнею над папертью. Первый престол освящен в 1768 году, а второй — в 1776 году. Из грамоты об освящении второго престола 23 мая 1776 года видно, что строителю сего храма Максиму Походяшину хотелось, чтобы в нижней церкви был храм во имя Св. Иоанна Дамаскина, празднуемого в один день с Варварою Великомученицей, но его желание не было удовлетворено, потому что, как пишется в грамоте, церковь сооружается в девичьем монастыре и служба Преподобному Иоанну Дамаскину под числом.